Egy gigantikus napkitörés következtében a Föld levegője átmenetileg mérgezővé vált. A hatalmas erejű napviharokkal olyan részecskék kerültek a légkörbe, melyek a tüdőbe jutva azonnal ölnek. Ti egy földalatti bunkerben vészelitek át a legkritikusabb napokat, ahol egy szuperszámítógép biztosítja az életben maradáshoz szükséges feltételeket. A bunker kényelmes, levegője tiszta, van megfelelő víz és élelem, ám készítők nem fejezték be az óvóhelyet. Ez azért is nagy probléma, mert a bunker saját energiatárolóból nyeri az energiáját, ám mostanra az energiatelepek szinte teljesen lemerültek. Mivel a levegő utánpótlást is a számítógép vezérli, be kell indítani egy tartalék energiaforrást, mielőtt leállnak a gépek és levegő hiányában a bunker válna végső sirhelyükké. A Zero Level Energy az egyetlen olyan játék, ahol nem tudják előre, hogy mennyi idő áll a rendelkezésükre a küldetés teljesítésére. A játék kezdetekor ugyanis már csak 20 percre elegendő levegő van a bunkerben. Ha ügyesek vagytok, a játék során ezt még 40 perccel növelni tudjátok.