A felszín alatt, Novoszibirszk halott városa alatt Hlebnyikov ezredes szilveszter éjjelén hazatér fiához, Kirillhez. De nincs minden rendben az itteni emberekkel: az alagutakat továbbra is elárasztja a nyálka, a mutánsok támadásai egyre gyakoribbnak tűnnek, és a ritka "zöld anyag", amely megvédi az embereket a sugárfertőzéstől, kezd kifogyni. Az emberek túlélésének biztosítása érdekében a felelősöknek drasztikus intézkedéseket kell hozniuk... Hlebnyikov útját és élményeit követve, Miller ezredes utolsó napjait Novoszibirszkben egy évvel később, a játékosok a Metro-sorozat klasszikus történetvezérelt játékmenetére számíthatnak ebben az új lineáris fejezetben, kiegészítve egy vadonatúj fegyverrel, egy halálos lángszóróval, klausztrofóbiás környezetekkel és a már megszokott hajmeresztő feszültséggel. Az új fejezetben a játékosok a Metro-sorozat klasszikus történetvezérelt játékmenetére számíthatnak.