A Pixel Story egy rosszindulatú, old-school, 2D puzzle-platformer, amely a videojátékok fejlődését mutatja a legelején. Ön egy epikus küldetést indít a Rendszer magjához, melyet a misztikus hatalmak segítenek, amelyeket a Varázslatos Teleportációs Kalap nyitott. A négy grafikus generáció fejlődésével világod egyre részletesebbé és bonyolultabbá válik, és a videojátékok történetében végbemenő utazása egyre veszélyesebbé válik. Fel kell fedeznie egy színes és változatos világot, fel kell szabadítania a varázslatos mágikus teleportációs kalap félelmetes erejét, át kell haladnia 6 nagy szabad formájú zónában, kölcsönhatásba kell lépnie a különféle NPC-kkel, meg kell állítania a gonosz operációs rendszert, és természetesen meg kell mentenie a világot.