A sztori szerint a Star Wars II eseményei után járunk, a Klónháború javában dúl. Yoda és a Jedi Tanács felvállalja a titokban kiképzett klónkatonákat, és felveszik a kesztyűt Dooku gróf és Grievous tábornok ellen. Azonban a szimpla közkatonák inkább a csatamezőre valók, azonban egy győztes háborúhoz komolyabb, háttérben zajló akciókra van szükség. Így egy speciális osztagot állítanak elő, melyet a különlegese klónkatonákból állítanak össze, akik afféle "önálló" ikrekként képesek összedolgozni. Még saját nevet is kapnak a számok mellé (pl. : 07 - Sev). Nekik kell majd számos akció során követni és szabotálni Grievous ténykedését. A játékosok Delta 38 bőrébe bújhatnak, aki a négyfős csapat vezetője. S itt jön a csavar: nekünk kell majd amolyan Rainbow Six módjára irányítani egységeinket. Azonban ez sokkal egyszerűbb, akciódúsabb módon zajlik. Csupán egy gomb van az akciókhoz, mellyel rámutatva egyes objektumokra, megjelenik egy lehetőség, s kiadhatjuk a parancsot a gomb elengedésével (pl. : egy fedezékre mutatva megjelenik egy kis célkereszt, ahová küldhetjük egyik társunkat, hogy tartsa zárótűz alatt az ellenséget, amíg akciózunk). Így egy kényesebb szituáció is villámgyorsan megoldható, ráadásul még taktikai mélységek is vannak benne. Fegyverek tekintetében nem olyan széles a választék. Alapból speciális, az osztag számára kialakított, dinamikus fegyverek vannak. Van egy, Halo-belihez hasonlító ismétlőpisztolyunk, ez automatikusan feltöltődik, kifogyhatatlan lőszerű. Van egy összetett puskánk, mely sima sorozatlövő alapból, de átalakíthatú távcsöves puskává (ezt fogjuk a legkevesebbszer használni a kis távolságok miatt), és rakétavetővé. Ezen kívül felvehetjük az egzotikus fegyvereket is.