A Squares egy kirakós játék, amelyben mindent a helyére kell tenni. A színes négyzeteket a kiindulási helyzettől a színes csillagokkal jelölt pozícióig kell megfelelően elrendezni minden egyes szín négyzethez. A szint átjutásához minden négyzetet a színű csillaggal jelölt cellán kell helyeznie. A szintek áthaladását különféle mechanika bonyolítja: teleportok, mozgási irányt megváltoztató sejtek és a négyzet színét megváltoztató cellák.