Az IsoCubes egy izometrikus kirakós játék. A cél az, hogy a zöld csillaggal jelölt kockákat rányomd a célkockákra, amelyek szintén zöldek. A zöld blokkokat a mozgatni kívánt kocka irányába néző kék kockák kiválasztásával tolhatja el. A játék újraindul, ha nem tud új lépést tenni, rossz kocka van a célponton, vagy ha egy kocka leesik a platformról. Különféle kockákkal fog szembesülni, mint például a lila kocka. Ez egy új zöld kockát hoz létre, amelyet el kell vinnie a megfelelő helyre. Egy másik kocka a sárga, az nem csinál semmit, csak vigyázni kell, hogy ne essen célpontra. A későbbi szakaszokban átalakító szalagokat kell használnia, amelyek a kockákat új helyekre szállítják. A szintemelkedések is fontosabbak lesznek, mert a későbbi szinteken a kockákat néhány szinttel lejjebb kell vinni, ahol a cél található. A játék 46 feladványt tartalmaz, amelyek fokozatosan nehezednek, és új mechanikákat vezetnek be. Minden teljesített szintért jutalom jár, és a játék teljesen játszható kontrollerrel.