Az AF-ZERO egy lövöldözős játék a 80-as évek játékai alapján. A játék 7 szakaszt, forgatókönyveket több görgetéssel, 3 különböző fegyvert, 3 erőfokozattal, több ellenséget tartalmaz. A történet azután megy végbe, hogy egy idegen vírus megtámadja egy holdi katonai bázis rendszerét, csak az AF-ZERO prototípusa nem fertőződött meg, most ennek az űrhajónak és pilótájának, Vania Scorpionnak kell megkeresnie a vírus forrását és elpusztítania.