A Puzzle Station két játékmódot kínál: Arcade és Puzzle. Mindkét mód 50 szinttel rendelkezik. A Puzzle módban korlátozott mennyiségű cseppet kapsz, és a cél az, hogy megtisztítsd a játékteret, mielőtt elfogynak a lépések. Ha kötetlenebb játékmódot keresel, és csak „ki akarod zárni a zónát, a játék Arcade módot kínál, ahol egyszerűen elrobbanhatsz és vadászhatsz a magas pontszámra.