A lenmagolajban található omega-3 zsírsavak, például az alfa-linolénsav (ALA) fontosak a szív- és érrendszeri egészség szempontjából. Az ALA-t a szervezet eikozapentaénsavvá (EPA) és docosahexaénsavvá (DHA) alakítja át, amelyek antitrombotikus hatásúak, vagyis megakadályozzák a vérrögök kialakulását. Emellett csökkentik a gyulladást és a koleszterinszintet.