A Shinkansen Tōkaidō vasútvonalat 1959-ben kezdték el építeni azzal a céllal, hogy az 1964-es tokiói olimpia előtt felavassák a kor leggyorsabb vonatát. A Shinkansen: Zero Kei játékban a játékosok az építők szerepét töltik be, akik a történelmi vasútvonal és a hozzá tartozó állomások megépítéséért felelnek. Emellett segíthetnek az olimpiai helyszíneknek a játékokra való felkészülésben is. Az lesz a győztes, aki a legjobbnak bizonyul. A Shinkansen játék minden fordulójában saját gyorsvonatot építünk, és minden egyes kocsikártya, amelyet a vonatunkhoz hozzáadunk, egy akciót vagy képességet biztosít számunkra. Ezekkel az akciókkal főként pályákat és állomásokat építhetünk, vagy együttműködhetünk az olimpiai helyszínek előkészítésében, és új kocsikártyákat szerezhetünk. A kocsikártyák azokhoz a városokhoz kapcsolódnak, amiken a vasútvonal áthalad. Ha sikerül a megfelelő sorrendben kialakítani a vasútvonalakat, akkor győzelmi pontokat szerezhetünk. Öt forduló után, ami a vasútvonal ötéves építésének felel meg, az nyer, akinek a legtöbb győzelmi pontja van.