Pár évvel a Risen befejezése után a dühös Titánok elpusztították a világot és az emberiség a létét veszélyeztették. A hatalmas teremtmények előjöttek a tengerek mélyéről, és arra kényszerítették a tengerészetet, hogy szembeszálljon velük. A főhős, ezúttal az inkvizíció tagja feladatul kapja, hogy derítse ki, hogyan állítható meg a káosz, amit a teremtmények okoztak. A küldetését arra a mondára alapozza, hogy a déli szigeteket látogató kalózok az egyetlenek, akik ismerik a szörnyű teremtményektől való megszabadulás módját. Az új kalóz témának köszönhetően a Risen 2: Dark Waters fő célja ötvözni a közkedvelt RPG játékmechanizmusokat az új játéklehetőségekkel, amiket a tenger és a szigetek kínálnak. RPG harmadik személy nézetből, ami egy sötét, kalandokkal teli világban játszódik. Minden egyes problémát saját nézőpontból közelíthetsz meg, minek következtében a döntéseid alakítják a játékvilágot. A választásaid új utakat nyithatnak meg, tárgyakat és képességeket tehetnek elérhetővé. Mindez együtt a rendkívül interaktív környezettel, a napszakok változásával remekül befolyásolja a játékmenetet.